Ngay sau khi Apple phát hành bản vá lỗi liên kết trong Safari thì nay iOS 9.3.1 lại xuất hiện một lỗi khác cho phép tin tặc khai thác danh bạ, hình ảnh bằng cách trò chuyện với Siri.
Công ty ứng dụng và phần mềm Apteligent đã tiến hành một nghiên cứu về tỉ lệ crash màn hình trên iOS 9.3 so sánh với một vài phiên bản trước đây.
Trước mỗi bản cập nhật chính thức, Apple thường tung ra các bản beta để thử nghiệm tính năng và đánh giá hiệu suất. Apple từng phát hành bản beta đầu tiên của iOS 9.3 vào 11/1 và chỉ một vài tuần sau đó, iOS 9.2 được phát hành.
